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     PHFA 技术是基于双标记的标准dsDNA和未标记的待测的DNA竞争的原理。当双标记的标准dsDNA的序列与未标记待测DNA序列相同时，由于同源双链之间的链交换，双标记的dsDNA将会减少。当序列不相同时，即使存在1个碱基的差异，由于同源双链优先形成，所以双标记dsDNA几乎不会减少。双标记dsDNA中的生物素标记的DNA链，连接于链亲和素包被的微孔板上，使用ELISA的方法检测互补链的标记物二硝基苯酚，从而鉴定HPA的基因型。该方法适用于常规的HPA基因分型,无须电泳，但是还需要PCR之后的一些操作。
     5 寡核苷酸连接分析法(oligonucleotide ligation assay，OLA)

     该技术使用1对标记的探针，其中1条探针3'端包含等位基因特异性碱基。先用PCR扩增包含HPA基因SNP位点的基因片段，然后探针和扩增的等位基因片段互补结合，在DNA连接酶的作用下，2条探针连接形成一个双标记的产物。这个双标记产物的一端连于固相表面，另一端的标记物作为指示物，可以用ELISA方法检测。该法快速、可靠，可以用于大量样本的基因分型，但是OLA法也需要一些PCR后的操作。
     6 聚合酶链反应单链构象多态性分析（PCRsingle strand conformation polymorphism ,PCRSSCP）

      PCRSSCP是近年来发展起来的1种基因分析方法。SSCP是基于以下原理：单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的。当有1个碱基发生改变时，会或多或少的影响其空间构象。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，可以将构象上有差异的DNA片段分离开。使用PCRSSCP进行HPA基因分型时，通常先进行各个HPA系统的特异性PCR，再将产物变性后进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，银染后观察结果。Quintanar等［7］使用PCRSSCP对HPA1、3、4进行了基因分型。该法进行2次PCR反应，通过第二次PCR反应使产物标记上荧光物质Cy5。然后使用荧光DNA分析仪对产物进行SSCP分析。使用荧光的SSCP的敏感性比常规的SSCP要高，而且实验条件更易控制。PCRSSCP法的操作较复杂，但是可以发现一些未知的DNA多态性。
     7 熔解曲线分析法
     基于荧光共振能量转移（FRET）原理的熔解曲线分析法是罗氏公司的专利技术。FRET法使用2个探针，一条探针横跨HPA的SNP位点，称为检测探针。另一条探针与第一条探针相距1—5个碱基称为锚定探针。两条探针互相邻近的3'端和5'端分别标记上荧光物质FITC和LightCycler Red 640。在PCR过程中，两条探针和扩增产物结合，荧光物质FITC和LightCycler Red 640相互靠近。FITC受激发产生荧光，又激发Red640，使其发出波长为640的荧光，通过检测器检测荧光信号。在PCR反应后，降低体系温度到探针退火的温度以下，然后缓慢提高温度，检测探针发生解链从模板脱离，产生1个熔解曲线。如果检测探针和靶基因完全互补，将会产生一个较高的解链温度（Tm），如果发生错配将会产生1个较低的Tm，依据Tm的不同而进行基因分型。目前利用该方法已经成功用于HPA1—5、15的基因分型［8—11］。该方法不需要PCR后操作，通过1个单管PCR反应，就能同时鉴定1个HPA系统的2个等位基因。但该方法需要特殊的仪器LightCycler荧光定量PCR仪。除了使用FRET技术之外，还可以使用DNA荧光染料作为荧光的来源，通过扩增子或未标记探针的熔解分析法来进行基因分型。Liew等［11］使用该法对HPA进行了基因分型并和FRET探针法进行比较，发现这2种方法的一致性达98.8％。Liew等［12］进一步的研究表明，使用扩增子的熔解分析法在分析长片段的扩增子时，存在一定的错误率，而使用未标记探针的结果则是完全准确的。基于荧光染料的熔解分析法无需价格昂贵的荧光标记的双杂交探针，而且每一个反应体系可以同时鉴定HPA两个系统的等位基因，比FRET探针法更有优势。但是其需要特殊的熔解分析仪以及一种特殊的DNA荧光染料LCGreen PLUS。