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1、微生物标本的采集不够规范：标本的采集主要由医护人员操作，由于实验室与临床的交流沟通不够，医护人员对于临床微 生物标本的采集的要求和注意事项不甚了解，标本采集前要求病人应该做些什么准备，采集标本应选择什么时机、什么部位，每天采几次、采多少量以及采样部位应该如何消毒等一系列问题，多数医院尚没有明确的文字规定。其结果可能导致标本采集不合格，使致病原菌检出率降低或即使分离出某种细菌，但未必是致病菌，如此非但不能提供病原信息，反而会造成误导。例如怀疑病人下呼吸道感染，留取标本前要求病人用清水漱口3次，之后用力咳出。如标本不合要求即不能反映病变部位的信息；再如怀疑病人存在厌氧菌感染，却用棉拭子采样。在上述情况下微生物实验室再努力工作也不能给出正确结果。
2、微生物标本的保存、运送不够规范：微生物标本保存和运送的原则是维持病原菌的活力，防止非病原菌的污染或过量繁殖。对于不同的目的病原菌，应该有不同的保存、运送要求。例如夏天让病人留取尿液或粪便做细菌培养，送检不及时，可造成非致病菌过度生长，其结果可能把正常中段尿误诊为菌尿或导致沙门菌和志贺菌等致病菌死亡，造成漏诊。再如淋病奈瑟菌和脑膜炎奈瑟菌对寒冷较敏感，在标本运送的过程中，要保持在室温条件下尽快送检，特别是在冬天更应注意这一点，否则，检出率将显著降低。有关方面的一些要求，尚未做到人人皆知，特别是由务工运送标本的一些医院，问题可能更大。
3、细菌检验的质控工作还需加强：尽管多年来我们在细菌学质控方面做了大量工作，但是在对待质控物和日常标本上的严格认真程度还不尽一致。鉴于临床微生物检验的高风险性（如脑脊液培养结果正确与否直接关系到患者的生死）、高干扰性（诸多因素都会干扰检出率和正确率）、高技术性和高严谨性（准确地分离、鉴定和药敏结果直接关系到治疗的成败），美国的CLIA88（1988年美国国会通过的临床实验室改进法案）把细菌培养和药敏试验归属于高度复杂的试验范畴。因此，对于这一高度复杂的检验工作，必须严格做好质控，特别是药敏的质控。从近年来一些地区细菌检验室间质评的成绩来看，细菌鉴定的成绩要好于药敏试验成绩，说明药敏的质控还需再作努力。
4、细菌检验的报告方式不够规范：
5、细菌检验结果的初步报告问题：
6、实验室与临床沟通不够。
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