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细菌鞭毛纤细，直径只有10～30nm，远低于光学显微镜的分辨率，只有采用特殊的染色方法才能在普通光学显微镜下观察其形态。由于细菌鞭毛染色在细菌鉴定中起着很重要的作用，故以下将对其方法及其应用进展作一论述。 一、细菌鞭毛染色方法
目前，细菌鞭毛染色方法根据染色剂的不同，可分为碱性复红法、副品红法、结晶紫法、维多利亚蓝B法、镀银染色法和荧光蛋白染色法6类，前5类方法的媒染剂成分中均含有单宁酸，染色原理通常是采用不稳定的胶体溶液做媒染剂，并使其沉淀于鞭毛上而使“鞭毛肿胀（tar and feather）”，鞭毛直径加粗，进一步染色后即可在油镜下观察。
1. 碱性复红法和副品红法：
1926年由Gray首创碱性复红法，其媒染液成分包括20%丹宁酸水溶液2.0ml，硫酸钾铝饱和水溶液5ml，饱和氯化汞水溶液2ml，3%碱性复红乙醇（95%）溶液0.4ml，临用前混合，且需过滤后方可使用。染片时，媒染剂染色约6min，具体时间尚需在试验中摸索确定，染色液是抗酸染色Ziehl-Neelsen石碳酸复红染液，染片时需要1小片吸水纸盖在涂片上，染色3min。由于该方法媒染剂混合物不稳定、操作复杂、经验性强。Leifson于1930年建立了副品红法，并于1938年和1951年两次对该方法进行了改良，称为Leifson方法。染色试剂由3种溶液组成：A为1.5%NaCl水溶液，B为3%单宁酸水溶液，C为乙酸副品红0.9g，碱性副品红0.3g溶解于100ml95%乙醇溶液中。使用时把等体积A和B混合，然后再加2体积C与之相混。该试剂冷藏可保存1～2个月。
尽管Leifson方法的试剂可以冷藏保存1～2个月，比Gray法进步了，但Gray法、Leifson法仍存在试剂稳定性较差的问题；并且制备涂片程序亦繁锁，如细菌要接种营养琼脂斜面，制备涂片前要用蛋白胨水悬浮培养物斜面0.5 h，然后用该菌悬液化气制涂片；缺乏对染色效果方法的评价。
1976年，Clark在Leifson法的基础上，通过大量试验解决了3个重要问题：首先，制备涂片时可以直接从Columbia琼脂血平板上取菌制备；；其二，可运用打分的方法进行染色效果评价；；其三，首次证明了血平板培养和肉汤培养的细菌鞭毛染色效果无差别。未使用Leifson法中的副品红染色剂，而使用了Gray法中的碱性复红染色剂。
具体配方：1.2%碱性复红，1.5%单宁酸和0.75%NaCl，95%乙醇溶解碱性复红后，过夜使用。用1 mol/L NaOH溶液调pH至5，染液需4℃保存，稳定1个月。
Clark虽然使用了3分制评分标准评价染色效果，但由于没有解决染色液的稳定性差的问题，仍不够完善。1981年Forbes在前人的基础上对碱性复红法进一步改良其配方：0.4g碱性复红，0.2g单宁酸和0.5g硫酸氨铝，装于16 mm×125 mm的试管中，密闭保存。染色前，用2 ml 95%乙醇，0.5ml甘油，7.5ml Tris缓冲液混合物使其溶解，充分摇动3～5min，2500r/min离心2min，室温反应30min后使用。试管中的混合液加入矿物油后，室温下能保存2周。Gray法、Leifson法及Clark法的染色时间均需要试验摸索，Clark改良法的时间为5～15min，Forbes法则只需1min，但Forbes法对于肠杆菌科的染色效果不理想，除了变形杆菌，评分值都在3分以下。Forbes仍未解决染色试剂稳定性差的问题。
2. 结晶紫法：
又称Ryu法，1937年由Ryu建立，1982年由Kodaka等进行了改良。媒染剂：5%石碳酸10 ml，2g单宁酸和10 ml饱和硫酸钾铝。染色剂：饱和结晶紫乙醇溶液，即12g结晶紫溶于100 ml无水乙醇中。使用时把10份媒染剂与1份染色剂混合，染色5min。1989年，Heimbrook等使用改良的Ryu染色试剂，采用湿片技术进行鞭毛染色，虽然可以观察到细菌鞭毛，但效果不好。Ryu染色方法优点是试剂比较稳定，目前Difco公司已经研制出该方法的商品试剂盒，但染色效果亦不甚理想，至今尚无一篇文献对其方法进行评分评。
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