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但是，微生物为什么没有象之前的PCR、化学发光一样，出现一波爆发式的增长呢？
我们把制约归结为三个问题：人的问题；钱的问题；管理的问题。
所谓人的问题，实际上是临床和实验室沟通的问题。微生物实验室是检验科室中，与临床结合最紧密的检测项目。但是，国内微生物实验室很少具备这种走向临床的能力，大部分医院的情况是，微生物室不懂临床和抗菌药物，而临床医生又不懂微生物。
所谓钱的问题，就是成本核算的压力。微生物室是检验科最不赚钱的部门。成本高、收费低，人力投入大。以最常见的鉴定药敏项目为例，收费不到200元，而一个人份进口试剂的成本就要100元，这还不包括标本处理和辅助试剂的成本，科室的盈利空间非常有限。
管理的问题，虽然，2011年卫生部颁布了史上最严苛的抗菌药物临床管理办法，并启动了为期三年的抗生素专项整治活动，微生物实验室的地位和作用被提到前所未有的高度。但是，在医改的大背景下，医院管理和医药管理的模式尚未解决，政府、医疗保险机构、医院、临床科室和检验科的目标和利益很难达成一致，微生物检测项目依然处在一个两难的境地。
四、如何解决人的问题、钱的问题、管理的问题
微生物检测，最突出的矛盾是缺标本，没标本是因为临床不开单，不开单实验室就没收入，没有收入也就没有投入，实验室配备差，技术水平得不到提高，检测结果对临床没有帮助，医生就更不愿意开单。
所以，在技术上要改变微生物检测的困境、提高标本量，首先要解决人的问题。对微生物室的技术人员、临床医生、采集标本的护士、包括广大患者，都需要进行大量的宣传和教育，提高对微生物检测和抗菌药物合理使用的意识和能力。
人的问题同样体现在院内感染的预防和控制，这其实是微生物室和临床之间的重要媒介。也是提高微生物实验室地位和权威性的重要途径。但是，很多医院的院感依然停留在空气培养等一般性工作上，微生物室的资源和作用并没有很好地得到发挥，也做不到事先预防。
再来看看国外是如何平衡钱的问题。虽然各个国家医疗保障的体系各不相同，但无一例外，都把提高治疗效果、减少住院时间作为降低医疗费用的主要手段。
美国是赢利模式，按病种理赔、按人头收费，病人的治疗时间越短，医疗机构的成本越低，盈利空间越大。微生物检测对合理用药、准确用药致关重要，所以对微生物室的投入很大，尤其是人员。微生物实验室可能赢利不多，甚至不赢利的，却是对医院赢利致关重要的环节。
英国是另外一种公立模式，政府拨款、总量限定，微生物检测能够有效地帮助节约用药费用和住院费用，同样受到重视。
而中国，医院是总量控制下的赢利模式，但是要求各个科室或者小组独立核算，单独赢利。作为需要大量投入的微生物检测，显然达不到这样的赢利要求。
此外，与发达国家相比，在我们的医疗管理和医改过程中，对微生物检测的认识和重视程度远远不够。无论是医保机构，还是政府的政策制定机构，他们的注意力过多地放在医生的处方上，忽视了微生物检测对于合理用药、准确用药的重要作用，甚至一刀切地把本来已经很低的检测收费，进一步地降低，阻碍了微生物实验室的发展。
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