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根据培养基的物理状态来区分：
1、液体培养基 ：主要用于增菌培养、鉴别性培养
2、固体培养基：用作微生物的分离、鉴定、检验杂菌、计数、保藏、生物测定
3、半固体培养基：观察微生物的动力，有时用来保藏菌种
4、脱水(商品)培养基：脱水培养基也称为商品培养基、预制干燥培养基。
将各种营养成分按比例配制完全,制成脱水的干粉状,装瓶出售;使用时只需按比例加人定量的水溶化、灭菌便可。
根据培养基的用途来区分：
增殖培养基 选择培养基 鉴别培养基
1、 增殖培养基： 在普通培养基中加入一些某种微生物特别喜欢的营养物质，以增加这种微生物的繁殖速度，逐渐淘汰其它微生物，这种培养基称为增殖培养基。 能够给微生物提供较适当的生长环境从而使微生物大量繁殖的培养基称为增菌培养基。
2、选择培养基 ：在培养基中加入抑制剂以杀死或抑制不需要的菌种,分离对象因对该抑制剂有抗性而正常生长繁殖的培养基,称之为选择培养基。 分离培养用的培养基
3、鉴别培养基：在培养基中加入指示剂或化学药品,目的菌经培养后其代谢产物与化学试剂发生显色反应,因而用肉眼可快速鉴别出目的菌,这样的培养基称之为鉴别培养基。
例如:伊红美蓝培养基(EMB)就是一种常用的鉴别性培养基。 伊红美蓝培养基用于食品、乳制品、水源和病源标本中革兰氏阴性肠道菌的分离和鉴别
4、活体培养基：病毒、立克次氏体等专性寄生微生物不能在一般培养基上生长,常用鸡胚、活细胞和动物进行培养。
采用鸡胚培养时,将微生物接到绒毛尿囊膜、尿囊、羊膜囊和卵黄囊中进行培养,即可得培养物。
细胞培养指将病毒接种到体外培养的活细胞上使其增殖。
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